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Extraction SNDS

Fonctions pour extraire les données de soins individuelles à partir du SNDS.

extract_consultations_erprsf(): Extraction des consultations dans le DCIR.
extract_drug_dispenses(): Extraction des délivrances de médicaments.
extract_hospital_consultations(): Extraction des consultations externes à l'hôpital (MCO).
extract_hospital_stays(): Extraction des diagnostics des séjours hospitaliers (MCO).
extract_long_term_disease(): Extraction des Affections Longue Durée (ALD)

Fonctions pour extraire les données de soins individuelles à partir du SNDS en pur SQL.

sql_extract_drug_dispenses(): Extraction des délivrances de médicaments à partir de SQL injecté dans du R (modèle dbExecute de Thomas Soeiro).

Fonctions utilitaires pour manipuler les données extraites.

insert_into_table_from_query(): Insertion des résultats d'une requête SQL dans une table existante.
get_first_non_archived_year(): Récupération de l'année non archivée la plus ancienne de la table ER_PRS_F.
create_table_from_query(): Création d'une table à partir d'une requête SQL.
connect_duckdb(): Initialisation de la connexion à la base de données duckdb.
connect_oracle(): Initialisation de la connexion à la base de données.
gather_table_stats(): Récupération des statistiques des tables
retrieve_all_psa_from_idt(): Gestion des identifiants patients à l'aide de BEN_IDT_ANO
retrieve_all_psa_from_psa(): Gestion des identifiants patients à l'aide de BEN_NIR_PSA

Fonctions pour générer des données factices similaires à celles du SNDS.

create_mock_database(): Configurer une base de données DuckDB avec toutes les tables factices
create_mock_er_ete_f(): Créer des données factices pour ER_ETE_F (Actes externes)
create_mock_er_pha_f(): Créer des données factices pour les médicaments délivrés (ER_PHA_F)
create_mock_er_prs_f(): Créer des données factices pour les délivrances de médicaments (ER_PRS_F)
create_mock_ir_ben_r(): Créer des données factices pour IR_BEN_R (référentiel bénéficiaires)
create_mock_ir_imb_r(): Créer des données factices pour les ALD (IR_IMB_R)
create_mock_ir_pha_r(): Créer des données factices pour le référentiel médicaments (IR_PHA_R)
create_mock_mco_tables(): Créer des données factices pour les séjours hospitaliers MCO (tables B, C, D, UM)
create_mock_patients_ids(): Fonctions pour créer des données factices pour le tutoriel sndsTools