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Gestion des identifiants patients à l'aide de BEN_IDT_ANO

Source: R/retrieve_patient_id.R
retrieve_all_psa_from_idt.Rd

La fonction retrieve_all_psa_from_idt permet d'extraire le reférentiel des bénéficiaires avec la clé de jointure la plus fine (l'ensemble des BEN_NIR_PSA) à partir d'une table contenant un identifiant patient BEN_IDT_ANO.

Cinq variables binaires sont ajoutées en sortie pour aider au processus d'inclusion :

  1. psa_w_multiple_idt_or_nir : permet d'identifier les BEN_IDT_ANO ou BEN_NIR_ANO présentant des BEN_NIR_PSA associés à plusieurs BEN_IDT_ANO ou BEN_NIR_ANO.

  2. cdi_nir_00 : permet d'identifier les BEN_NIR_PSA non fictifs.

  3. nir_ano_defined : permet d'identifier les BEN_NIR_PSA pour lesquels un BEN_NIR_ANO est défini.

  4. birth_date_variation : permet d'identifier les BEN_IDT_ANO présentant des inconsistances au niveau de la date de naissance.

  5. sex_variation : permet d'identifier les BEN_IDT_ANO présentant des inconsistances relatives aux codes sexe.

Usage

retrieve_all_psa_from_idt(
  ben_table_name,
  conn = NULL,
  check_arc_table = TRUE,
  output_table_name = NULL
)

Arguments

ben_table_name

Character Obligatoire. Nom de la table d'entrée comprenant au moins la variable BEN_NIR_PSA. Si la variable BEN_RNG_GEM est incluse, elle sera également utilisée pour les jointures avec les référentiels.

conn

DBI connection Optionnel Une connexion à la base de données Oracle. Si non fournie, une connexion est établie par défaut.

check_arc_table

Logical Optionnel. Si TRUE (par défaut), les tables IR_BEN_R_ARC sont également consultées pour la recherche des BEN_IDT_ANO et des critères de sélection.

output_table_name

Character Optionnel. Si fourni, les résultats seront sauvegardés dans une table portant ce nom dans Oracle. Sinon la table en sortie est retournée sous la forme d'un data.frame(/tibble).

Value

A partir d'une table avec BEN_IDT_ANO, la fonction retournera l'ensemble des BEN_NIR_PSA + BEN_RNG_GEM associés au BEN_IDT_ANO dans une table dédoublonnée. La table en sortie est une copie de(s) référentiel(s) IR_BEN_R (et IR_BEN_R_ARC) relatifs aux BEN_IDT_ANO impliqués et enregistrée sous Oracle ou retournée sous la forme d'un data.frame(/tibble). Si output_table_name est NULL, retourne un data.frame(/tibble). Si output_table_name est fourni, sauvegarde les résultats dans la table spécifiée dans Oracle et retourne NULL de manière invisible. Dans les deux cas les colonnes de la table de sortie sont celles des tables IR_BEN_R et IR_BEN_R_ARC auxquelles sont ajoutées les variables binaires:

  • psa_w_multiple_idt_or_nir (Logical): permet de vérifier que chaque BEN_NIR_PSA est associé à un seul BEN_IDT_ANO ou BEN_NIR_ANO. Si cette relation d’unicité est respectée, alors les bases PMSI et DCIR peuvent être interrogées directement à partir de la variable BEN_NIR_PSA, qui suffit alors pour identifier de manière unique un patient. Dans le cas contraire, seules les tables du DCIR peuvent être exploitées pour effectuer des requêtes à l’échelle d’un patient unique. Il est alors nécessaire de prendre en compte les variables BEN_IDT_ANO, BEN_RNG_GEM et BEN_ORG_AFF afin d’assurer une interprétation correcte des identifiants. La variable BEN_NIR_ANO, bien qu’elle permette théoriquement de distinguer les individus de manière anonyme, peut être manquante. Quant à BEN_RNG_GEM, défini comme le rang gémellaire, il peut prendre différentes valeurs en cas de changement de régime, identifiable via la variable BEN_ORG_AFF. Source : https://documentation-snds.health-data-hub.fr/files/Sante_publique_France/2021-10-SpF-SNDS-ce-quil-faut-savoir-v3-MPL-2.0.pdf.

  • cdi_nir_00 (Logical): permet d'identifier les BEN_NIR_PSA non fictifs

  • nir_ano_defined (Logical): permet d'identifier les BEN_NIR_PSA pour lesquels un BEN_NIR_ANO et un BEN_IDT_ANO sont défini

  • birth_date_variation (Logical): permet d'identifier les BEN_IDT_ANO présentant des dates de naissance différentes pour un même BEN_IDT_ANO

  • sex_variation (Logical): permet d'identifier les BEN_IDT_ANO présentant des codes sexe différents pour un même BEN_IDT_ANO

Details

La fonction retourne une copie du/des référentiel(s) IR_BEN_R (/IR_BEN_R_ARC) dans une table dédoublonnée avec des indicateurs visant à améliorer le processus d'inclusion.

Examples

if (FALSE) { # \dontrun{
# Création et enregistrement dans Oracle d'un tibble de 100 BEN_IDT_ANO
idt_sample_1 <- dplyr::tbl(conn, "IR_BEN_R") |>
  dplyr::select(BEN_IDT_ANO) |>
  dplyr::distinct() |>
  head(100) |>
  dplyr::collect()
dbWriteTable(conn, "IDT_SAMP_1", idt_sample_1, overwrite = TRUE)

# Récupération de la table en format tibble
retrieve_all_psa_from_idt(conn = conn, ben_table_name = "IDT_SAMP_1")
# Récupération et enregistrement de la table dans Oracle
retrieve_all_psa_from_idt(
  conn = conn,
  ben_table_name = "IDT_SAMP_1",
  output_table_name = "TEST_SAVE_ORACLE"
)
# Récupération de la table sans considérer la table de référentiel archivée
retrieve_all_psa_from_idt(
  conn = conn,
  ben_table_name = "IDT_SAMP_1",
  check_arc_table = FALSE
)
} # }