Extraction des délivrances de médicaments. — extract_drug

Cette fonction permet d'extraire les délivrances de médicaments par code ATC ou par code CIP13. Les délivrances dont les dates EXE_SOI_DTD sont comprises entre start_date et end_date (incluses) sont extraites.

Usage

extract_drug_dispenses(
  start_date,
  end_date,
  atc_cod_starts_with_filter = NULL,
  cip13_cod_filter = NULL,
  patients_ids_filter = NULL,
  dis_dtd_lag_months = 6,
  sup_columns = NULL,
  output_table_name = NULL,
  conn = NULL,
  show_sql_query = TRUE
)

Arguments

start_date: Date. La date de début de la période des délivrances des médicaments à extraire.
end_date: Date. La date de fin de la période des délivrances des médicaments à extraire.
atc_cod_starts_with_filter: Character vector (Optionnel). Les codes ATC par lesquels les délivrances de médicaments à extraire doivent commencer. Défaut à NULL.
cip13_cod_filter: Character vector (Optionnel). Les codes CIP des délivrances de médicaments à extraire en complément des codes ATC. Défaut à NULL.
patients_ids_filter: data.frame (Optionnel). Un data.frame contenant les paires d'identifiants des patients pour lesquels les délivrances de médicaments doivent être extraites. Les colonnes de ce data.frame doivent être "BEN_IDT_ANO" et "BEN_NIR_PSA". Les "BEN_NIR_PSA" doivent être tous les "BEN_NIR_PSA" associés aux "BEN_IDT_ANO" fournis. Défaut à NULL.
dis_dtd_lag_months: Integer (Optionnel). Le nombre maximum de mois de décalage de FLX_DIS_DTD par rapport à EXE_SOI DTD pris en compte pour récupérer les délivrances de médicaments. Défaut à 6 mois.
sup_columns: Character vector (Optionnel). Les colonnes supplémentaires à ajouter à la table de sortie. Défaut à NULL, donc aucune colonne ajoutée.
output_table_name: Character (Optionnel). Si fourni, les résultats seront sauvegardés dans une table portant ce nom dans la base de données au lieu d'être retournés sous forme de data frame. Si la table existe déjà dans la base oracle, alors le programme s'arrête en retournant une erreur. Défault à NULL.
conn: DBI connection (Optionnel). Une connexion à la base de données Oracle. Si non fournie, une connexion est établie par défaut. Défaut à NULL.

Value

Si output_table_name est NULL, retourne un data.frame contenant les délivrances de médicaments. Si output_table_name est fourni, sauvegarde les résultats dans la table spécifiée dans Oracle et retourne NULL de manière invisible. Dans les deux cas les colonnes de la table de sortie sont :

BEN_NIR_PSA : Colonne présente uniquement si les identifiants patients (patients_ids_filter) ne sont pas fournis. Identifiant SNDS, aussi appelé pseudo-NIR.
BEN_IDT_ANO : Colonne présente uniquement si les identifiants patients (patients_ids_filter) sont fournis. Numéro d’inscription au répertoire (NIR) anonymisé.
EXE_SOI_DTD : Date de la délivrance
PHA_ACT_QSN : Quantité délivrée
PHA_ATC_CLA : Code ATC du médicament délivré
PHA_PRS_C13 : Code CIP du médicament délivré (nom dans la table ER_PHA_F : PHA_PRS_C13, nom dans la table IR_PHA_R : PHA_CIP_C13)
PSP_SPE_COD : Code de spécialité du professionnel de soin prescripteur (voir nomenclature IR_SPE_V)
Les colonnes supplémentaires spécifiées dans sup_columns si fournies.

Details

Le décalage de remontée des données est pris en compte en récupérant également les délivrances dont les dates FLX_DIS_DTD sont comprises dans les dis_dtd_lag_months mois suivant end_date.

Si atc_cod_starts_with ou cip13_codes sont fournies, seules les délivrances de médicaments dont le code ATC commence par l'un des éléments de atc_cod_starts_with OU dont le code CIP13 est dans cip13_codes sont extraites. Dans le cas ou aucun des filtres n'est renseigné, les délivrances pour tous les codes ATC et CIP13 sont extraites. Si l'un des filtres est NULL, mais pas l'autre, seul les délivrances pour le filtre non NULL sont extraites.

Si patients_ids_filter est fourni, seules les délivrances de médicaments pour les patients dont les identifiants sont dans patients_ids_filter sont extraites. Dans le cas contraire, les délivrances de tous les patients sont extraites. Pour être à flux constant sur l'ensemble des années, il faut utiliser dis_dtd_lag_months = 27 Cela rallonge le temps d'extraction alors que l'impact sur l'extraction est minime car la Cnam estime que 99 % des soins sont remontés à 6 mois, c'est-à-dire pour dis_dtd_lag_months = 6.

Examples

if (FALSE) { # \dontrun{
start_date <- as.Date("2010-01-01")
end_date <- as.Date("2010-01-03")
atc_cod_starts_with <- c("N04A")

dispenses <- extract_drug_dispenses(
  start_date = start_date,
  end_date = end_date,
  atc_cod_starts_with = atc_cod_starts_with
)
} # }