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Extraction des diagnostics des séjours hospitaliers (MCO).

Source: R/extract_hospital_stays.R
extract_hospital_stays.Rd

Cette fonction permet d'extraire les diagnostics des séjours hospitaliers en MCO. Les diagnostics dont les dates EXE_SOI_DTD sont comprises entre start_date et end_date sont extraits.

Usage

extract_hospital_stays(
  start_date,
  end_date,
  dp_cim10_codes_filter = NULL,
  or_dr_with_same_codes_filter = FALSE,
  or_da_with_same_codes_filter = FALSE,
  and_da_with_other_codes_filter = FALSE,
  da_cim10_codes_filter = NULL,
  patients_ids_filter = NULL,
  output_table_name = NULL,
  conn = NULL
)

Arguments

start_date

Date La date de début de la période sur laquelle extraire les séjours.

end_date

Date La date de fin de la période sur laquelle extraire les séjours.

dp_cim10_codes_filter

character vector (Optionnel). Les codes CIM10 des diagnostics principaux à extraire. La requête est effectuée par préfixe : Par exemple, si E12 est renseigné, tous les codes commençant par E12 sont extraits. Défaut à NULL.

and_da_with_other_codes_filter

logical (Optionnel). Indique si les séjours avec des codes DA différents doivent être extraits. La requête est effectuée par préfixe : Par exemple, si E12 est renseigné, tous les codes commençant par E12 sont extraits. Défaut à NULL.

da_cim10_codes_filter

character vector (Optionnel). Les codes CIM10 des diagnostics associés à extraire. La requête est effectuée par préfixe : Par exemple, si E12 est renseigné, tous les codes commençant par E12 sont extraits. Défaut à NULL.

patients_ids_filter

data.frame (Optionnel). Un data.frame contenant les paires d'identifiants des patients pour lesquels les consultations doivent être extraites. Les colonnes de ce data.frame doivent être BEN_IDT_ANO et BEN_NIR_PSA (en majuscules). Les "BEN_NIR_PSA" doivent être tous les "BEN_NIR_PSA" associés aux "BEN_IDT_ANO" fournis. Si patients_ids n'est pas fourni, les consultations de tous les patients sont extraites. Défaut à NULL.

output_table_name

character Le nom de la table de sortie dans la base de données. Si output_table_name n'est pas fourni, une table de sortie intermédiaire est créée. Défaut à NULL.

conn

dbConnection La connexion à la base de données. Si conn n'est pas fourni, une connexion à la base de données est initialisée. Défaut à NULL.

or_dr_with_same_codes

logical (Optionnel).Indique si les séjours avec les mêmes codes DR doivent être extraits. La requête est effectuée par préfixe : Par exemple, si E12 est renseigné, tous les codes commençant par E12 sont extraits. Défaut à NULL.

or_da_with_same_codes

logical (Optionnel). Indique si les séjours avec les mêmes codes DA doivent être extraits. La requête est effectuée par préfixe : Par exemple, si E12 est renseigné, tous les codes commençant par E12 sont extraits. Défaut à NULL.

Value

Un data.frame contenant les séjours hospitaliers. Attention: Les lignes des tables MCO B et C peuvent être dupliquées. Les colonnes sont les suivantes :

  • BEN_IDT_ANO : Identifiant bénéficiaire anonymisé (seulement si patient_ids non nul)

  • NIR_ANO_17 : NIR anonymisé

  • EXE_SOI_DTD : Date de début du séjour hospitalier

  • EXE_SOI_DTF : Date de fin du séjour hospitalier

  • ETA_NUM : Numéro FINESS e-PMSI

  • RSA_NUM : N° d'index du RSA

  • SEJ_NUM : N° de séjour

  • SEJ_NBJ : Nombre de jours de séjour

  • NBR_DGN : Nombre de diagnostics associés significatifs

  • NBR_RUM : Nombre de RUM (unité médicales)

  • NBR_ACT : Nombre d'actes

  • ENT_MOD : Mode d'entrée

  • ENT_PRV : Provenance

  • SOR_MOD : Mode de sortie

  • SOR_DES : Destination

  • DGN_PAL : Diagnostic principal

  • DGN_REL : Diagnostic relié

  • GRG_GHM : Groupe homogène de malades

  • BDI_DEP : Département de résidence

  • BDI_COD : Code postal de résidence

  • COD_SEX : Sexe

  • AGE_ANN : Age en années

  • AGE_JOU : Age en jours

  • DGN_PAL_UM : Diagnostic principal des unité médicale

  • DGN_REL_UM : Diagnostic relié des unité médicale

  • ASS_DGN : Diagnostic associé

Details

La sélection des séjours se fait à l'aide de filtres sur les diagnostics:

  • Si dp_cim10_codes_filter est renseigné, seuls les séjours dont les diagnostics principaux contiennent les codes CIM10 correspondants sont extraits.

  • Si or_dr_with_same_codes_filter est renseigné, les séjours avec les codes DR correspondants sont également extraits.

  • Si or_da_with_same_codes_filter est renseigné, les séjours avec les codes DA correspondants sont également extraits.

  • Si and_da_with_other_codes_filter est renseigné, les séjours avec les codes DA différents sont également extraits.

Tous les diagnostics principaux, reliés et associés sont extraits pour les séjours sélectionnés.

La fonction joint les tables T_MCOB, T_MCOC ensemble, puis joint successivement à cette table "séjour" les tables T_MCOD et T_MCOUM. Finalement, les deux tables obtenues sont concaténées horizontalement. Il est donc fréquent d'avoir des doublons concernant les colonnes des tables B et C dans les lignes de la table résultante. Une explication détaillée et un diagramme illustrant le fonctionnement retenu sont disponibles sur le github du projet Scalpel.

Examples

if (FALSE) { # \dontrun{
extract_hospital_stays(
  start_date =
    as.Date("2019-01-01"), end_date = as.Date("2019-12-31"), dp_cim10_codes =
    c("A00", "B00")
)  @export
} # }