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Extraction des décès et de leurs causes médicales (CIM-10)

Source: R/extract_deaths.R
extract_deaths.Rd

Extrait, pour chaque patient décédé entre start_date et end_date (bornes incluses), l'ensemble des codes CIM-10 associés à son décès, à raison d'une ligne par code. La colonne STATUS indique si le code est la cause initiale du décès ("Initial cause") ou un autre code de l'ensemble des causes ("Other").

Deux filtres optionnels et combinables restreignent l'extraction :

  • diagnosis_codes_filter : ne conserve que les décès dont la cause initiale ou l'un des autres codes correspond aux codes fournis ;

  • patient_ids_filter : restreint à une liste d'identifiants patients. Tout identifiant fourni sans décès correspondant dans la période est tout de même restitué sur une ligne STATUS == "Alive".

Usage

extract_deaths(
  conn,
  start_date,
  end_date,
  diagnosis_codes_filter = NULL,
  patient_ids_filter = NULL,
  sup_columns = NULL
)

Arguments

start_date

Date La date de début de la période de décès (incluse).

end_date

Date La date de fin de la période de décès (incluse).

diagnosis_codes_filter

character vector (Optionnel). Codes CIM-10 à rechercher parmi les causes de décès. Si NULL, tous les décès de la période sont extraits. Défaut à NULL.

patient_ids_filter

character vector (Optionnel). Identifiants patients (BEN_IDT_ANO) à extraire ; les doublons sont ignorés. Si NULL, aucune restriction sur les patients. Défaut à NULL.

sup_columns

character vector (Optionnel). Colonnes supplémentaires à inclure dans le résultat. Défaut à NULL.

Value

Retourne une lazy table dbplyr (tbl_lazy). Une ligne par code CIM-10 et par patient décédé (plus une ligne par patient "Alive" si patient_ids_filter est fourni), avec les colonnes :

  • BEN_IDT_ANO : identifiant patient pseudonymisé.

  • EXE_SOI_DTD : date du décès (NA pour un patient "Alive").

  • CIM_COD : un code CIM-10 associé au décès (NA si "Alive").

  • STATUS : "Initial cause", "Other" ou "Alive".

Details

La fonction interroge les deux tables des causes médicales de décès :

  • KI_CCI_R (cause initiale, colonne DCD_CIM_COD) fournit les codes "Initial cause" ;

  • KI_ECD_R (ensemble des causes, colonne ECD_CIM_COD) fournit les codes "Other". Un code déjà rapporté comme cause initiale d'un patient n'est pas dupliqué en "Other". La correspondance des codes (diagnosis_codes_filter) se fait par préfixe (LIKE 'code%').

Lorsque patient_ids_filter est fourni, "Alive" signifie « aucun décès correspondant dans la période » : selon les filtres, le patient peut être vivant, décédé hors période, ou décédé d'une cause non retenue par diagnosis_codes_filter.

See also

Other extract: extract_consultations_erprsf(), extract_consultations_mcofcstc(), extract_drugs_erphaf(), extract_drugs_erucdf(), extract_ij_erprsf(), extract_longtermdiseases_irimbr(), extract_stays_mcob(), extract_stays_ssr(), snds_codes()

Examples

if (FALSE) { # \dontrun{
# Décès dont une cause commence par G10 ou G20, entre 2010 et 2020.
extract_deaths(
  conn,
  start_date = as.Date("2010-01-01"),
  end_date = as.Date("2020-12-31"),
  diagnosis_codes_filter = c("G10", "G20")
)

# Statut vital et causes de décès d'une liste d'identifiants.
extract_deaths(
  conn,
  start_date = as.Date("2010-01-01"),
  end_date = as.Date("2020-12-31"),
  patient_ids_filter = c("ABC123", "DEF456")
)

# Sur le SNDS (Oracle) : cohorte issue d'IR_BEN_R, écrite dans Oracle.
pat_list <- dplyr::tbl(conn, "IR_BEN_R") |>
  head(10) |>
  dplyr::pull(BEN_IDT_ANO)
extract_deaths(
  conn,
  start_date = as.Date("2010-01-01"),
  end_date = as.Date("2020-12-31"),
  patient_ids_filter = pat_list
)
} # }