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Extraction des diagnostics des séjours de soins de réadaptation (SSR)

Source: R/extract_stays_ssr.R
extract_stays_ssr.Rd

Cette fonction permet d'extraire les diagnostics des séjours de soins de réadaptation. Les diagnostics dont les dates EXE_SOI_DTD sont comprises entre start_date et end_date sont extraits. Les séjours extraits sont à l'échelle de la semaine de séjour, avec une ligne par semaine de séjour. Les séjours sont extraits à partir des tables T_SSRB, T_SSRC et T_SSR*D.

Usage

extract_stays_ssr(
  conn,
  start_date,
  end_date,
  dp_cim10_codes_filter = NULL,
  or_da_with_same_codes_filter = FALSE,
  and_da_with_other_codes_filter = FALSE,
  da_cim10_codes_filter = NULL,
  patients_ids_filter = NULL,
  sup_columns = NULL
)

Arguments

conn

DBI connection. Une connexion à la base de données Oracle.

start_date

Date La date de début de la période sur laquelle extraire les séjours.

end_date

Date La date de fin de la période sur laquelle extraire les séjours.

dp_cim10_codes_filter

character vector (Optionnel). Les codes CIM10 des diagnostics principaux à extraire. La requête est effectuée par préfixe : Par exemple, si E12 est renseigné, tous les codes commençant par E12 sont extraits. Défaut à NULL.

and_da_with_other_codes_filter

logical (Optionnel). Indique si les séjours avec des codes ETL_AFF, MOR_PRP et FP_PEC différents doivent être extraits. La requête est effectuée par préfixe : Par exemple, si E12 est renseigné, tous les codes commençant par E12 sont extraits. Défaut à NULL.

da_cim10_codes_filter

character vector (Optionnel). Les codes CIM10 des diagnostics ETL_AFF, MOR_PRP et FP_PEC à extraire. La requête est effectuée par préfixe : Par exemple, si E12 est renseigné, tous les codes commençant par E12 sont extraits. Défaut à NULL.

patients_ids_filter

data.frame (Optionnel). Un data.frame contenant les paires d'identifiants des patients pour lesquels les consultations doivent être extraites. Les colonnes de ce data.frame doivent être BEN_IDT_ANO et BEN_NIR_PSA (en majuscules). Les "BEN_NIR_PSA" doivent être tous les "BEN_NIR_PSA" associés aux "BEN_IDT_ANO" fournis. Si patients_ids n'est pas fourni, les consultations de tous les patients sont extraites. Défaut à NULL.

sup_columns

character vector (Optionnel). Colonnes supplémentaires à inclure dans le résultat. Défaut à NULL.

or_da_with_same_codes

logical (Optionnel). Indique si les séjours avec les mêmes codes ETL_AFF, MOR_PRP et FP_PEC doivent être extraits. La requête est effectuée par préfixe : Par exemple, si E12 est renseigné, tous les codes commençant par E12 sont extraits. Défaut à NULL.

Value

Retourne une lazy table contenant les séjours de soins de réadaptation. les séjours de soins de réadaptation. Si output_table_name est fourni, sauvegarde les résultats dans la table spécifiée dans Oracle et retourne NULL de manière invisible. Les colonnes sont les suivantes : uniquement si patients_ids_filter est renseigné ; remplace NIR_ANO_17).

  • NIR_ANO_17 : NIR anonymisé à 17 caractères (absent si patients_ids_filter est renseigné).

  • ETA_NUM : Numéro FINESS e-PMSI de l'établissement SSR.

  • RHA_NUM : Numéro séquentiel du RHA (résumé hebdomadaire anonyme SSR).

  • SEJ_NUM : Numéro de séjour SSR.

  • NBR_DGN : Nombre de diagnostics associés significatifs SSR.

  • ENT_MOD : Mode d'entrée dans le séjour SSR.

  • ENT_PRV : Provenance du patient à l'entrée du séjour SSR.

  • SOR_MOD : Mode de sortie du séjour SSR.

  • SOR_DES : Destination de sortie du séjour SSR.

  • MOR_PRP : Manifestation morbide principale SSR.

  • ETL_AFF : Affection étiologique SSR.

  • DGN_COD : Diagnostic associé significatif SSR (table T_SSR*D).

  • BDI_DEP : Département de résidence du bénéficiaire.

  • BDI_COD : Code géographique de résidence du bénéficiaire.

  • COD_SEX : Sexe du bénéficiaire.

  • AGE_ANN : Âge en années du bénéficiaire.

  • MOI_ANN : Mois et année de sortie SSR (format MMAAAA).

  • EXE_SOI_DTD : Date de début de la semaine SSR.

  • EXE_SOI_DTF : Date de fin de la semaine SSR.

  • GRG_GME : Groupe médico-économique SSR (présent à partir de 2013).

  • FP_PEC : Finalité principale de prise en charge SSR (présent avant 2023 uniquement).

Details

La sélection des séjours se fait à l'aide de filtres sur les diagnostics:

  • Si dp_cim10_codes_filter est renseigné, seuls les séjours dont les diagnostics principaux contiennent les codes CIM10 correspondants sont extraits.

  • Si or_dr_with_same_codes_filter est renseigné, les séjours avec les codes DR correspondants sont également extraits.

  • Si and_da_with_other_codes est renseigné, les séjours avec les codes DA correspondants sont également extraits.

  • Si and_da_with_other_codes_filter est renseigné, les séjours avec les codes DA différents sont également extraits.

Tous les diagnostics principaux, reliés et associés sont extraits pour les séjours sélectionnés.

La fonction joint les tables T_SSRB, T_SSRC ensemble, puis joint successivement à cette table "séjour" les tables T_SSR*D. Finalement, les deux tables obtenues sont concaténées horizontalement. Il est donc fréquent d'avoir des doublons concernant les colonnes des tables B et D dans les lignes de la table résultante.

See also

Other extract: extract_consultations_erprsf(), extract_consultations_mcofcstc(), extract_deaths(), extract_drugs_erphaf(), extract_drugs_erucdf(), extract_ij_erprsf(), extract_longtermdiseases_irimbr(), extract_stays_mcob(), snds_codes()

Examples

if (FALSE) { # \dontrun{
conn <- connect_oracle()
# Extrait uniquement les séjours en 2019 dont le diagnostic principal commence par A ou B
extract_stays_ssr(
 conn = conn,
 start_date = as.Date("2019-01-01"),
 end_date = as.Date("2019-12-31"),
 dp_cim10_codes_filter = c("A", "B")
)
# Extrait tous les séjours en 2019
extract_stays_ssr(
 conn = conn,
 start_date = as.Date("2019-01-01"),
 end_date = as.Date("2019-12-31")
)
} # }