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Extraction des Affections Longue Durée (ALD)

Source: R/extract_longtermdiseases_irimbr.R
extract_longtermdiseases_irimbr.Rd

Cette fonction permet d'extraire des ALD actives au moins un jour sur une période donnée. Les ALD dont l'intersection (MB_ALD_DTD, IMB_ALD_DTF) avec la période (start_date, end_date) n'est pas vide sont extraites. Si des codes ICD 10 ou des numéros d'ALD sont fournis, seules les ALD associées à ces codes ICD 10 ou numéros d'ALD sont extraites. Dans le cas contraire, toutes les ALD sont extraites. Si des identifiants de patients sont fournis, seules les ALD associées à ces patients sont extraites. Dans le cas contraire, les ALD de tous les patients sont extraites.

Usage

extract_longtermdiseases_irimbr(
  conn,
  start_date,
  end_date,
  icd_cod_starts_with = NULL,
  ald_numbers = NULL,
  excl_etm_nat = c("11", "12", "13"),
  patients_ids_filter = NULL,
  sup_columns = NULL
)

Arguments

conn

DBI connection. Une connexion à la base de données Oracle.

start_date

Date La date de début de la période sur laquelle extraire les ALD actives.

end_date

Date La date de fin de la période sur laquelle extraire les ALD actives.

icd_cod_starts_with

character vector Un vecteur de codes ICD 10. Si icd_cod_starts_with ou ald_numbers sont fournis, seules les ALD associées à ces codes ICD 10 ou numéros d'ALD sont extraites. Sinon, toutes les ALD actives sur la période (start_date, end_date) sont extraites.

ald_numbers

numeric vector Un vecteur de numéros d'ALD. Si icd_cod_starts_with ou ald_numbers sont fournis, seules les ALD associées à ces codes ICD 10 ou numéros d'ALD sont extraites. Sinon, toutes les ALD actives sur la période (start_date, end_date) sont extraites.

excl_etm_nat

character vector Un vecteur de codes IMB_ETM_NAT à exclure. Par défaut, les ALD de nature 11, 12 et 13 sont exclues car elles correspondent à des exonérations pour accidents du travail ou maladies professionnelles. Voir la fiche sur les ALD de la documentation du SNDS. et notamment le Programme #1 pour la référence de ce filtre.

patients_ids_filter

data.frame Optionnel. Un data.frame contenant les paires d'identifiants des patients pour lesquels les ALD doivent être extraites. Les colonnes de ce data.frame doivent être "BEN_IDT_ANO", "BEN_NIR_PSA" et "BEN_RNG_GEM". Les "BEN_NIR_PSA" doivent être tous les "BEN_NIR_PSA" associés aux "BEN_IDT_ANO" fournis.

sup_columns

character vector (Optionnel). Colonnes supplémentaires à inclure dans le résultat. Défaut à NULL.

Value

Retourne une lazy table contenant les les ALDs actives sur la période. Si output_table_name est fourni, sauvegarde les résultats dans la table spécifiée dans Oracle et retourne NULL de manière invisible. Dans les deux cas les colonnes de la table de sortie sont :

  • BEN_NIR_PSA : Colonne présente uniquement si les identifiants patients (patients_ids_filter) ne sont pas fournis. Identifiant SNDS, ausi appelé pseudo-NIR.

  • BEN_IDT_ANO : Colonne présente uniquement si les identifiants patients (patients_ids_filter) sont fournis. Numéro d'inscription au répertoire (NIR) anonymisé.

  • IMB_ALD_NUM : Le numéro de l'ALD

  • IMB_ALD_DTD : La date de début de l'ALD

  • IMB_ALD_DTF : La date de fin de l'ALD

  • IMB_ETM_NAT : La nature de l'ALD

  • MED_MTF_COD : Le code ICD 10 de la pathologie associée à l'ALD

See also

Other extract: extract_consultations_erprsf(), extract_consultations_mcofcstc(), extract_deaths(), extract_drugs_erphaf(), extract_drugs_erucdf(), extract_ij_erprsf(), extract_stays_mcob(), extract_stays_ssr(), snds_codes()

Examples

if (FALSE) { # \dontrun{
start_date <- as.Date("2010-01-01")
end_date <- as.Date("2010-01-03")
icd_cod_starts_with <- c("G20")
conn <- connect_oracle()

long_term_disease <- extract_longtermdiseases_irimbr(
  conn = conn,
  start_date = start_date,
  end_date = end_date,
  icd_cod_starts_with = icd_cod_starts_with
)
} # }